Ingénieur de recherche hospitalier

Premier employeur de Besançon, ville à l'environnement naturel d'exception, le CHU de Besançon assure des missions de soin, de prévention, d'enseignement et de recherche au service de la population du secteur de Besançon et tient un rôle de recours pour l'ensemble de la population franc-comtoise, soit plus de 2,8 millions d'habitants.

Et si vous rejoigniez un hôpital d'excellence à taille humaine ? Nous avons peut-être l'opportunité que vous attendiez, découvrez notre offre !
Le pôle Biologie Anatomie et Pathologie (BAP) est un pôle médicotechnique.

Il regroupe des activités de biologie médicale, de vigilances, d'anatomie et pathologie ainsi que de la génétique humaine.

Une équipe de plus de 300 personnes (environ 320 personnels non médicaux et 50 biologistes) évolue dans des secteurs variés.

Plusieurs métiers sont représentés :
techniciens de laboratoire, agents administratifs, ingénieurs, agents des services hospitaliers, ouvriers qualifiés, infirmier diplômés d'état et conseillers en génétique.

Le laboratoire fonctionne 24/24h.

Sa capacité d'adaptation lui permet de répondre à des exigences toujours plus fortes au service des patients.

L'ingénieur de recherche hospitalier aura pour missions l'expérimentation, l'interprétation des données et la rédaction de rapports et publications pour le WP3 « Contamination de la nourriture conséquences dans le microbiote digestif » du projet MEHTA « Gestion des zones environnementales sensibles et transmission de la résistance aux antimicrobiens » Le projet MEHTA est financé par l'ANR Programme Prioritaire de Recherche français (PPR) sur la résistance aux antibiotiques.

Le WP3 durera 24 mois, de septembre 2024 à avril 2026.

Il y a un besoin urgent d'établir les conséquences de l'ingestion de légumes obtenus après irrigation avec des eaux usées.

Ces légumes sont enrichis en antibiotiques et probablement avec des gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs).

Dans les pays industrialisés, les hommes acquièrent les GRAs principalement à partir d'autres hommes mais aussi par la nourriture.

Nous faisons donc l'hypothèse que des traces d'antibiotiques apportés par la consommation de légumes irrigués avec des eaux usées (i) vont compenser le coût biologique de la résistance aux antibiotiques (ii) casse la résilience du microbiote intestinal et (3) favorise l'implantation des GRAs provenant des légumes et des hommes dans le microbiote digestif de l'hôte.

Pour tester cette hypothèse, le post-doctorant devra :

-Réaliser des expérimentations ex-vivo en utilisant des bioréacteurs alimentés par les récoltes alimentaires seules (irriguées avec de l'eau propre et des eaux usées traitées ou non par un traitement tertiaire) ou en combinaison avec des bactéries résistantes aux antibiotiques (BRAs) (Escherichia coli productrices de bêta-lactamases, Klebsiella pneumoniae productrices de carbapénémases)
-Évaluer l'abondance et le contexte génétique des BRAs par qPCR et séquençage long-read, respectivement
-Explorer l'effet des légumes irrigués avec les eaux usées sur la composition du microbiote digestif, sa diversité et sa richesse seront explorés par séquençage métagénomique 16S avec le support de la plateforme de bioinformatique 2B2S
-Explorer l'impact de l'exposition aux antibiotiques, en particulier à des niveaux maximum de résidus dans la nourriture, sur la dynamique des gènes des eaux irriguées dans l'intestin
-Présenter les avancées du projet et les résultats durant des réunions d'équipe et des congrès Savoirs Savoirs théoriques :

-Microbiologie générale et cellulaire, génétique bactérienne, des connaissances dans la résistance aux antibiotiques est un plus.